일시적 1세대 2주택 특례 시 세입자와 퇴거 합의했어도 이 기한 내 전입 못 하면 낭패
현재 부동산 시장에서 1세대가 1주택을 보유한 상태에서 새로운 주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우, 일정 요건을 충족하면 종전 주택의 양도소득세를 비과세하는 특례 제도가 운영되고 있다. 이는 주거 이전의 자유를 보장하고 실수요자의 세금 부담을 완화하기 위한 취지다. 그러나 조정대상지역 내에서 주택을 취득하는 경우에는 일반적인 경우보다 강화된 전입 요건과 양도 기한이 적용된다. 특히 신규 주택에 기존 임차인이 거주하고 있는 경우 전입 기한을 연장해주는 예외 규정이 존재하는데, 이 규정의 해석 범위를 두고 지난 5일 최근 대법원(2026. 6. 5. 선고 대법원 2026두30078판결)에서 명확한 기준을 제시하는 판결이 나왔다.
사건의 쟁점은 신규 주택을 취득한 이후 임차인과 합의하여 임대차 기간을 연장했을 때, 이를 근거로 비과세 요건인 전입 기한을 늦출 수 있는지 여부였다. 원심인 고등법원은 임차인의 주거권 보호와 실질적인 입주 가능 시점을 고려하여 연장된 임대차 종료일을 기준으로 전입 요건 충족 여부를 판단해야 한다고 보았으나, 대법원은 조세법률주의의 원칙을 들어 이를 뒤집었다. 비과세 요건은 법문에 기재된 대로 엄격하게 해석해야 하며, 납세자의 편의에 따라 확장 해석할 수 없다는 취지다.
임대차 계약 승계와 전입 요건의 충돌
원고 A씨는 1999년 서울 양천구에 소재한 아파트를 매수하여 보유해오다, 2020년 9월 다른 사람에게 매도하는 계약을 체결했다. 같은 시기 A씨와 배우자는 마포구 소재의 아파트를 새로운 주택으로 매수했다. 당시 마포구와 양천구는 모두 주택법에 따른 조정대상지역으로 지정되어 있었다. 새로 매수한 마포구 아파트에는 이미 기존 임차인이 거주하고 있었으며, 해당 임대차 계약의 종료일은 2021년 10월로 예정되어 있었다.
소득세법 시행령에 따르면 조정대상지역 내 일시적 2주택 비과세 특례를 받기 위해서는 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 이사하고 전입신고를 마쳐야 한다. 다만 신규 주택에 기존 임차인이 거주하고 있는 경우, 임대차 계약 종료일까지 그 기간을 연장해주되 최대 2년을 한도로 한다. A씨는 2021년 3월 임차인과 별도의 약정을 맺고, 임차인이 계약갱신청구권을 행사하지 않는 대신 명도일을 2022년 6월로 연기하기로 합의했다. 이후 A씨는 약정된 날짜에 이사한 뒤 전입신고를 마쳤으며, 종전 주택 양도에 대해 비과세 신고를 했다.
대법원이 강조한 조세법률주의와 엄격 해석
과세당국은 A씨가 신규 주택 취득일로부터 1년 이내에 전입하지 않았다는 이유로 양도소득세를 부과했다. 이에 A씨는 임대차 기간 종료일이 합의에 의해 연장되었으므로 전입 요건을 충족한 것이라고 주장하며 소송을 제기했다. 1심과 2심은 A씨의 손을 들어주었다. 임대인의 지위를 승계한 원고가 임차인과 합의하여 명도일을 정한 것을 존중해야 하며, 이를 ‘임대차 기간이 끝나는 날’로 보는 것이 타당하다는 판단이었다.
그러나 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 조세법령의 해석은 법문대로 엄격하게 해야 하며, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다는 대원칙을 확인했다. 시행령 단서에서 말하는 ‘그 임대차 기간이 끝나는 날’은 신규 주택 취득 시점에 이미 존재하던 임대차 계약상의 종료일을 의미하는 것이지, 취득 후 새로운 합의로 연장된 날까지 포함하는 것은 아니라고 명시했다.
법무법인 지금 김진환 변호사는 이번 판결이 실질과세원칙보다 조세법률주의의 엄격한 적용을 우선시한 사례라고 분석했다. 김 변호사는 주택임대차보호법상 임대인 지위 승계와는 별개로 세법상의 비과세 요건은 정책적 목적에 따라 신규 주택 취득 시점의 객관적인 상태를 기준으로 판단해야 한다는 점을 대법원이 명확히 한 것이라고 설명했다. 이는 납세자가 임의로 전입 시기를 조절하여 비과세 혜택을 받는 편법을 방지하려는 의도가 담겨 있다고 덧붙였다.
부동산 거래 시 주의해야 할 비과세 체크포인트
대법원은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 단서에 규정된 ‘신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차 계약은 인정하지 않는다’는 문구가 단순히 갱신청구권 행사에 따른 갱신뿐만 아니라, 합의에 의한 연장까지도 포함하는 취지임을 분명히 했다. 따라서 임대차 계약이 체결된 주택을 매수하여 일시적 2주택 비과세를 적용받으려는 납세자는 반드시 취득 당시의 임대차 계약서상 종료일을 확인하고 그에 맞춰 이사 계획을 세워야 한다.
이번 판결로 인해 신규 주택 취득 후 임차인의 사정이나 임대인과의 합의로 입주 시기를 늦춘 많은 사례가 비과세 혜택에서 제외될 가능성이 커졌다. 특히 조정대상지역 내 주택 거래는 전입 요건이 비과세 여부를 결정짓는 핵심 요소인 만큼, 계약 시점부터 전문가의 자문을 구하거나 법령의 구체적인 요건을 꼼꼼히 살피는 주의가 필요하다. 대법원은 원심판결에 법리 오해의 잘못이 있다고 판단하여 사건을 서울고등법원으로 환송했다.
손철주 안진회계법인 부대표는 비과세 특례 규정은 납세자에게 혜택을 주는 규정인 만큼 그 적용 요건이 매우 구체적이고 한정적으로 규정되어 있다고 설명했다. 손철주 부대표는 특히 신규 주택 취득 당시 이미 체결되어 있던 임대차 계약의 종료일이 전입 기한의 기준이 되는 것이 원칙이며, 취득 이후 집주인과 세입자 간의 합의로 날짜를 변경하는 것은 조세 행정의 안정성을 해칠 우려가 있어 허용되기 어렵다는 견해를 밝혔다.
결론적으로 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용받기 위한 전입 기한 연장은 오직 신규 주택 취득 시점에 존재하던 기존 임대차 계약의 종료일까지만 유효하다. 취득 이후에 발생한 어떠한 형태의 기간 연장이나 갱신도 세법상 전입 기한 연장 사유로 인정되지 않는다는 점을 명심해야 한다. 현재 부동산 과세 체계가 복잡해짐에 따라 납세자 스스로가 법적 요건을 엄밀히 파악하는 태도가 요구된다.
